In forza del trattato di Granada dell'11 novembre del 1500, Ferdinando il cattolico di Spagna e Luigi XII di Francia si spartirono il regno di Napoli.
Il trattato stabilì che Napoli, Terra di lavoro, i Tre Abruzzi e metà del reddito del tavoliere delle Puglie si appartenesse al re di Francia, con la conferma di Re di Napoli e Gerusalemme;
Il Re di Spagna doveva avere la Calabria e la Puglia e la metà rimanente del Tavoliere con il titolo di Duca di Calabria e di Puglia.
Scoppiò un conflitto per le province non menzionate, nel 1502 ed i Francesi furono sconfitti in quattro battaglie e tutto il Reame divenne, come la Sicilia, un possedimento spagnolo.
Napoli fu governata, in questo periodo, da 40 Vicerè e 20 luogotenenti inviati sia dai sovrani Austro-spagnoli che da sovrani Spagnoli ed Austriaci.
Sotto Carlo V, erede per Giovanna la Pazza, fu Vicerè il famoso don Pedro de Toledo, marchese di Villafranca, castigliano che impresse un grande sviluppo urbanistico alla città.
Dopo l'abdicazione di Carlo V, successero Filippo II e poi Filippo III. Durante il regno opprimente di quest'ultimo, ci fu la famosa rivoluzione di Masaniello.
Successivamente Filippo IV regnò fino alla morte avvenuta nel 1665 lasciando il trono al figlio Carlo II (che aveva 4 anni). Alla morte di Carlo II che morì senza eredi, scoppiò la guerra di successione, avendo Carlo II lasciando legate le corone a Filippo V D'Angiò, nipote di Re Luigi XIV di Francia. Filippo venne personalmente a Napoli e fu prodigo per la città che gli elevò la statua (quella del Piccolo Re) a Via Monteoliveto.
Nel 1707 Giuseppe D'Austria scese in Italia e conquistò Napoli in nome dell'arciduca Carlo.